Cerita dalam seri Naruto dipenuhi oleh berbagai karakter shonen legendaris, mulai dari anggota dari Team 7 sampai tim Konoha 11. Selain para karakter tersebut, para fans juga disuguhkan berbagai karakter villain yang mengerikan, mulai dari Zabuza dari desa kabut sampai Kaguya Otsutsuki. Para villain yang muncul dalam serinya benar-benar memberikan kontribusi besar bagi jalannya cerita.
Meskipun para villain dalam ceritanya diperlihatkan sangat kejam dan tega untuk melakukan berbagai tindakan kejahatan, tetapi saat digali lebih dalam mengenai motif mereka melakukan hal tersebut sering kali kita menemukan fakta yang mencengangkan di mana sebenarnya para villain ini tidaklah jahat. Mereka sebenarnya memiliki kebaikan dalam dirinya.
Kimimaro
Kimimaro adalah salah satu anak buah dari Orochimaru yang sangat kuat. Namun, karena dia menderita penyakit misterius yang mematikan yang tidak mampu disebuhkan bahkan oleh Orochimaru sendiri, akhirnya dia pun harus tewas. Terlepas dari hal itu, Kimimaro diperlihatkan sebagai sosok yang memiliki tekad kuat. Hal itu menunjukan seberapa hebatnya dia.
Kimimaro merupakan musuh yang tangguh yang pernah dihadapi oleh Rock Lee, Naruto, dan Gaara. Tetapi, semua tindakan jahat yang dia lakukan sebenarnya tidak munir berdasarkan keinginan dalam dirinya. Bagi Kimimaro, semua itu hanyalah bisnis, karena dia hanya ingin melayani Orochimaru. Meskipun Kimimaro tidak pernah berniat untuk bertarung menghadapi para shinobi tersebut, dia tetap tidak memberikan ampun.
Zabuza Momochi
Zabuza Momochi adalah villain level Jonin pertama yang Naruto pernah hadapi di sepanjang serinya. Hal ini terjadi saat Naruto dan Team 7 melaksanakan misi mereka ke Land of Waves alias negara ombak. Zabuza kemudian disewa jasanya oleh seorang pebisnis kejam, Gato, untuk menghabisi pembuat jembatan bernama Tazuna. Zabuza pun kemudian menghajar Team 7 sendirian.
Zabuza sendiri mengakui bahwa dia sudah banyak melakukan aksi kejahatan, yang mana sulit baginya untuk dimaafkan. Meskipun begitu, pada akhirnya dia justru mengkhianati Gato, dan dia banyak menghabisi anak buah dari Gato. Zabuza sendiri sebenarnya peduli terhadap Hakku dan juga yang lain. Kata-kata Naruto jugalah yang membuat Zabuza akhirnya tersadar.
Gaara
Meskipun saat ini Gaara adalah sekutu atau rekan dari Uzumaki Naruto, namun saat awal diperkenalkan dalam ceritanya dia dihadirkan sebagai seorang villain. Dia merupakan salah satu karakter utama yang muncul dalam cerita di ac Ujian Chunin. Gaara juga dianggap sebagai shinobi paling kuat dan mengerikan di serinya.
Gaara diperlihatkan tidak ragu untuk membunuh siapa pun yang menghalangi jalannya. Namun, kemudian para fans mengetahui bahwa semua tindakan jahat dan mengerikan yang dia lakukan sebagai seorang villain terjadi karena dia merupakan “versi jahat” dari Naruto. Gaara merupakan yatim piatu yang kesepian. Tidak mampu mengendalikan hatinya, Gaara pun justru berubah menjadi jahat. Tidak pernah ada niatan dari Gaara untuk menjadi jahat sedari awal.
Jugo
Jugo adalah salah satu dari anggota Team Taka, dan Jugo diketahui di serinya sebagai orang pertama yang memiliki segel kutukan. Saat dia marah, dia bisa berubah menjadi sosok yang mengerikan. Bahkan, dia bisa saja menghancurkan satu desa, seperti yang pernah dia lakukan sebelumnya. Tetapi, Jugo sebenarnya tidak tahan dengan semua kekerasan yang ada.
Simpelnya, Jugo mirip seperti sosok Bruce Banner, pria yang baik namun memiliki sisi monster dalam dirinya, entah dia suka atau tidak. Sasuke berusaha untuk memanfaatkan Jugo demi kepentingannya. Meskipun begitu, Jugo selalu berusaha untuk menjadi sahabat yang baik bagi Sasuke, bukan sosok monster yang dia inginkan. Bahkan, dia sering kali ingin melindungi dunia dari sisi jahatnya.
