Penyakit Itachi Uchiha
Selain Sasuke, sosok populer dari klan Uchiha adalah kakak dari Sasuke yaitu Itachi. Sebagai kakak dari Sasuke, dia benar-benar berperan sebagai figur penting dalam hidupnya dan juga dalam memilih jalan ninjanya. Itachi merupakan salah satu karakter terkuat di seri Naruto. Namun, sayangnya Itachi belum pernah diperlihatkan mengeluarkan seluruh kemampuannya dikarenakan sakit yang dia derita.
Penyakit misterius yang diderita oleh Itachi sendiri masih belum diketahui. Bahkan, Masashi Kishimoto sendiri tidak pernah menjelaskan bagaimana Itachi mendapatkan penyakitnya, penyakit apa yang dia derita, dan mengapa dia dibandingkan seluruh klan Uchiha lainnya, memiliki penyakit yang aneh. Itachi sendiri sempat dibuatkan sebuah novel ringannya, namun sayangnya tidak ada informasi apapun yang disebutkan tentang penyakit tersebut.
Sage Mode Hashirama
Hashirama Senju merupakan shinobi terkuat dari generasinya dan dia jugalah yang membangun desa Konoha. Dibandingkan para pemimpin desa (Kage) lainnya, dia lebih unggul dan oleh karena itu dia dijuluki sebagai dewanya para Shinobi. Senjata terbesar dari Hashirama adalah kemampuan Ninjutsu elemen kayu miliknya dan juga Sage Mode.
Di seluruh seriesnya, kita sudah melihat tiga wilayah sage yaitu gunung Myoboku, Gua Ryuchi, dan hutan Shikkotsu. Naruto sendiri mempelajari Sage Mode miliknya di gunung Myoboku, sedangkan Kabuto mempelajari Sage Mode miliknya di gua Ryuchi. Sage Mode milik Hashirama merupakan satu-satunya yang tidak berafiliasi dengan ketiga area tersebut. Ada spekulasi jika dia mempelajari Sage Mode di hutan Shikkotsu, namun hal itu tidak pernah dikonfirmasi.
Luka Might Guy
Guy benar-benar mengerahkan segala kemampuan yang dia miliki saat melawan Madara Uchiha, saat perang besar ninja keempat. Untuk melindungi Konoha dan melindungi generasi selanjutnya, dia membuka seluruh gerbang chakra miliknya dan bertarung dengan Madara sampai akhir nafas. Setelah pertarungan ini, Guy harus kehilangan kakinya dan hampir juga kehilangan nyawanya.
Ironisnya, Madara masih hidup setelah serangan tersebut. Beruntung, Naruto yang memiliki jurus baru berhasil menyelamatkan nyawa Guy. Yang cukup aneh, Naruto tidak mengobati luka yang ada di kaki Guy. Menariknya, Kakashi sempat kehilangan matanya dalam pertarungan dengan Madara namun Naruto berhasil mengembalikan matanya dengan jurusnya. Mengapa hal itu tidak dilakukan kepada Guy masih menjadi misteri.
Senjata Terbesar Itachi
Itachi Uchiha memiliki salah satu jurus mata yang populer yaitu Mangekyou Sharingan. Dengan kemampuannya ini, dia mampu mengendalukan senjata terbesar yaitu Susano’o. Menariknya, Susano’o yang dimiliki oleh Itachi berbeda dengan dua kemampuan lainnya yang dia miliki membuatnya rentan terhadap serangan.
Selain Mangekyou, Itachi punya pedang Totsuka, yang mana mampu untuk mengurung apapun dan siapapun di dalam dunia Genjutsu. Itachi juga punya cermin Yata, yang mampu membalikan atau memantulkan serangan apapun. Sampai saat ini belum diketahui darimana Itachi mendapatkan kedua senjata tersebut dan dimana juga kemana senjata tersebut pergi setelah Itachi tewas. Orochimaru sempat mencari kedua senjata tersebut namun gagal.
Klan Otsustuki
Misteri terbesar lainnya adalah klan Otsutsuki yang tidak pernah terungkap dalam cerita Naruto. Klan yang misterius ini pertama kali diperkenalkan di akhir serinya. Anggota dari klan Otsutsuki ini diantaranya adalah Kaguya, Kinshiki, dan Momoshiki. Dari apa yang sudah diceritakan, anggota lainnya dari Otsutsuki diketahui masih hidup dan berada di suatu tempat.
Yang menjadi misteri adalah belum diketahui dimana tepatnya lokasi klan Otsutsuki berada, siapa yang memimpin, dan berapa jumlah mereka. Mereka bisa jadi sebuah ancaman besar bagi Konoha dan desa lainnya, seperti yang diperlihatkan oleh Jugo. Seri Boruto sendiri masih on-going sampai saat ini, mungkin akan ada jawabannya tentang masalah ini.
