Operation: Galactic Storm
Cerita lainnya adalah Operation: Galactic Storm dalam komik Avengers. Peperangan antara kerajaan Shi’ar dan Kree mengancam keberlangsungan alam raya Marvel. Di tengah-tengah kekacauan ini, Supreme Intelligent sebagai pemimpin tertinggi Kree, justru meluncurkan Nega-Bomb di wilayah mereka. Tujuannya adalah untuk membunuh para Kree lama dan menciptakan ras Kree yang baru.
Dua orang Kree kemudian meminta bantuan Avengers untuk mengalahkan Supreme Intelligence. Steve berpendapat bahwa mereka tidak perlu melakukannya, tapi Tony ingin melakukan hal tersebut. Tapi, pada akhirnya Avengers berhasil untuk mengalahkan Supreme Intelligence.
Civil War dan SHRA
Semua perselisihan antara Tony Stark dan Captain America berpuncak pada cerita Civil War, dimana setelah bencana besar yang diakibatkan oleh para manusia super dan membuat banyak masyarakat sipil terluka, pemerintah Amerika Serikat meluncurkan sebuah pakta Superhuman Registration Act. Pakta tersebut memerintahkan seluruh pahlawan super untuk mendaftarkan dirinya ke pihak pemerintah Amerika.
Mereka wajib mengungkapkan semuanya, dan harus bergerak atas persetujuan pihak Amerika dan PBB. Steve Rogers tidak setuju tentang hal ini, karena dia takut para pahlawan super tersebut akan dimanfaatkan. Sebaliknya, Tony justru setuju dengan usulan pemerintah Amerika tersebut. Akhirnya, Captain America dan tim Secret Avengers bergerak secara diam-diam. Sedangkan Tony diperintahkan untuk memburu Captain America. Pertempuran besar pun akhirnya tidak terelakan, yang akhirnya mengorbankan nyawa Bill Foster dan Steve sendiri.
The Illuminati
Tim Secret Avengers mungkin tidak ada apa-apanya jika dibandingkan dengan tim Illuminati, yang terdiri dari Tony Stark, Namor, Doctor Strange, Black Bolt, Mr. Fantastic, dan juga Professor X. Merekalah yang menjadi “penyebab” berbagai peristiwa yang terjadi di Marvel Comics, termasuk perang antara Kree dan Skrull, Secret Invasion, Secret Wars, dan Infinity Gauntlet.
Keberadaan Illuminati mulai diketahui ketika seorang villain bernama Parker Robin alias the Hood mencoba untuk mencari keberadaan Infinity Stones, yang mana saat itu ada di tangan Illuminati. Adanya organisasi rahasia ini membuat Steve Rogers marah, dan Steve pun mengambil semua Infinity Stones untuk dia simpan ketika permasalahan dengan the Hood selesai.
Illuminati Lagi
Illuminati kembali muncul ketika peristiwa the Incursions – peristiwa ketika dua Earth berbeda saling bertubrukan dan menghancurkan masing-masing universe – dimulai. Kali ini, bukan Tony Stark yang memimpin Illuminati melainkan Black Panther. Mereka juga kali ini memasukan Captain America ke dalam tim ini. Mereka kemudian membentuk Infinity Gauntlet sebagai cara untuk menjaga sebuah Earth atau universe yang akan saling bertubrukan.
Tapi, hal itu justru menghancurkan Gauntletnya dan juga Infinity Stonesnya. Illuminati yang lain kemudian mengusulkan untuk menghancurkan Earth yang lain, tapi Captain America tidak setuju dengan ide tersebut. Jadi, solusinya adalah Doctor Strange menghapus pikiran Steve dan menghapus semua ingatannya tentang peristiwa Incursion dan Illuminati.
Original Sin, Axis, dan Time Runs Out
Meskipun Doctor Strange menghapus ingatan tentang Incursion dan Illuminati, dalam cerita Original Sin Captain America kembali mengingat peristiwa tersebut. Dia pun mulai melakukan perburuan setiap anggota Illuminati. Dalam poin tersebut, moral seorang Tony Stark berubah menjadi “abu-abu” setelah peristiwa Axis, dan Tony pun sudah terpisah dari para anggota Illuminati lainnya.
Pada akhirnya, Steve Rogers terpaksa untuk bekerja sama dengan Illuminati demi kepentingan yang lebih baik. Avengers, Illuminati, dan Fantastic Four kemudian bekerja sama untuk membangun sebuah Ark atau bahtera untuk menyelamatkan beberapa orang dari bencana Incursion yang terakhir. Captain America, dengan menggunakan armor miliknya, kemudian bertarung untuk yang terakhir kali dengan Iron Man untuk mencegahnya ikut masuk ke dalam bahtera tersebut.
