Dalam cerita Neon Genesis Evangelion, masing-masing unit Eva menyimpan sebuah jiwa manusia – dan biasanya jiwa yang tersimpan adalah jiwa milik ibu dari pilot Eva. Ibu dari Shinji Hikari, Yui Hikari, dan juga ibu dari Asuka Langley, Kyoko, menjadi contoh dari hal tersebut. Mereka semua menjadi pengisi jiwa dari Eva anak-anak mereka. Namun, untuk kasus Eva milik Ayanami Rei, Unit-00, hal ini sedikit membingungkan.
Secara teknis, Rei bukanlah manusia yang terlahir secara alamiah, namun merupakan hasil kloning dari Yui Ikari dan Angel Lillith. Karena itulah, dia tidak memiliki ibu, dan Yui Hikari sendiri menjadi sumber dari Eva milik Shinji. Yang menjadi pertanyaan besarnya kemudian jiwa siapa yang menjadi sumber kekuatan Eva milik Rei?
Lebih Dari Satu Rei
Dalam ceritanya, Rei Ayanami bukanlah hanya satu karakternya. Mengingat dia adalah kloning, maka kloning Rei lainnya pun masih tersimpan di dalam tangki dan akan digunakan satu persatu jika Rei sebelumnya tewas. Meskipun ada banyak tubuh Rei, namun jiwanya sendiri hanya ada satu. Jiwa dari Rei tersebut akan berpindah/disimpan ke Rei selanjutnya ketika Rei tersebut “aktif.”
Rei yang saat ini banyak muncul di serinya merupakan kloning Rei kedua, dan merupakan kloning yang paling banyak muncul dalam cerita, Rei II. Rei I sendiri dibunuh tepat setelah kreasi ini selesai dibuat oleh mantan kepala pengembangan NERV, Naoko Akagi. Akagi melihat Rei sebagai rival bagi rasa kasih sayang Gendo Ikari. Di episode 23, Rei II kemudian dibunuh dan digantikan oleh Rei III.
Karena alasan inilah, setelah kematian dari Rei I, ada kemungkinan bahwa hanya sebagian dari jiwanya saja yang kemudian menjadi jiwa yang mengisi Rei II dan Rei lainnya, sedangkan sebagian jiwa Rei I lainnya menjadi sumber kekuatan dari Eva Unit-00.
Tes Kompabilitas
Dalam episode 13, sebuah tes lintas kompabilitas dilakukan dimana Shinji dan Rei berusaha untuk sinkron dengan masing-masing Eva mereka. Biasanya, seorang pilor tidak akan bisa melakukan sinkronisasi dengan Eva yang lain. Namun, jika jiwa dari Rei I memang benar-benar ada di Unit-00, mungkin NERV berpikir bahwa Shinji akan juga kompatibel/cocok dengan Rei mengingat mereka berasal dari ibu yang sama.
Target Unit-00
Unit-00 adalah unit yang disebut sebagai berserk (mengalami peningkakekuatan) Eva. Hal ini diperlihatkan saat Eva-00 diuji coba. Para ilmuwan NERV dan juga Rei menyaksikan peristiwa ini. Salah satu ilmuwan yang menyaksikan hal tersebut adalah anak perempuan Naoko Akagi, Ritsuko. Sementara Misatu Katsuragi berpikir bahwa Eva tersebut mencoba untuk menyerang Rei, Ritsuki percara bahwa dirinya merupakan target dari sang Eva.
Tapi, ini bukan pertama kalinya Unit-00 berubah menjadi mode berserk. Di episode 5 kita melihat, bahwa fenomena ini juga terjadi sebelumny, tepat sebelum kedatangan Shinji di NERV. Dalam sebuah tes aktivasi, Rei kehilangan kendali atas Eva miliknya, sama halnya seperti yang diperlihatkan di episode 14. Unit-00 memukul sebuah jendela ruangan tes sampai hancur. Sebab dari perilaku tersebut diyakini karena adanya ketidak stabilan mental yang ada di diri Rei.
Jika Unit-00 memang berisi jiwa dari Rei I, maka terjawablah sudah alasan mengapa Eva tersebut mencoba menghabisi nyawa Ritsuko, yang pada saat itu ada dalam sesi uji coba. Berbeda dengan ibunya, yang memiliki rambut berwarna gelap, Ritsuko berwarna pirang, tapi, di episode 13, sepenglihatan dari Unit-00 memberikan gambaran bahwa Ritsuko sebagai gadis berambut gelap. Sepertinya, jiwa dari Rei I salah menduga bahwa Ritsuko adalah Naoko – pembunuhnya.
Rei Dalam Eva
Dalam sebuah tes linta kompabilitasm Shinji melihat bayangan hantu dari Rei dan merasakan kehadirannya. Shinji percaya bahwa Rei berusaha masuk ke otaknya. Namun, Shinji tidak tahu apakah Rei yang mencoba masuk ke otaknya tersebut adalah Rei Ayanami yang dia kenal. Jika memang sosok yang dilihat Shinji benar adalah Rei I, maka rasanya masuk akal jika Shinji tidak mengenali kedua Rei tersebut.
Kehadiran yang dirasakan oleh Shinji dan Rei di dalam Eva tersebut dan juga fakta bahwa sebuah jiwa bisa “dibelah” atau “dibagi” dalam cerita Evangelion, semuanya mengarah pada fakta bahwa jiwa dalam Rei I juga ada di dalam Eva milik seorang “Rei.” Kebingungan identitas yang dialami Rei karena merupakan salah satu dari sekian banyak tubuh “Rei” yang ada seolah memperjelas kemungkinan bahwa dia, mungkin, juga mengendalikan versi dirinya yang lain.