Iwagakure
Sunagakure
Sunagakure alias desa Suna merupakan salah satu desa ninja yang cukup populer selain Konohagakure. Desa Suna merupakan rumah bagi Gaara, sang Kazekage kelima. Dia menggantikan sang ayah, Rasa, yang merupakan Kazekage keempat. Di bawah kepemimpinan Gaara, desa Suna berubah menjadi sebuah desa ninja yang kuat.
Gaara pun menjadi sosok yang tangguh dan berjiwa pemimpin tinggi. Terbukti dalam perang besar ninja keempat, dia berhasil memimpin para shinobi dari desanya. Selain Gaara, desa Suna juga menjadi rumah bagi para shinobi hebat lainnya seperti Kankuro, Shinki, dan bahkan Temari.
Kumogakure
Kumogakure merupakan sebuah desa ninja yang sangat kuat dan hal tersebut masih bertahan sampai saat ini. Selain Konohagakure, Kumogakure adalah desa ninja yang memiliki monster berekor dan Jinchuriki. Desa ini dipimpin oleh Darui, sang Raikage kelima. Tetapi, para tetua desa, seperti halnya Ay, selalu muncul untuk memberikan bantuan.
Konohagakure
Tidak diragukan lagi merupakan desa ninja terkuat dalam franchise Naruto adalah Konohagakure alias desa Konoha. Selama bertahun-tahun, semenjak Madara dan Hashirama mendirikan desa ini, sudah lahir banyak sekali shinobi-shinobi hebat yang memberikan pengaruh besar dalam dunia shinobi. Contohnya adalah Hiruzen Sarutobi, Minato Namikaze, dan tiga Sannin legendaris.
Selain nama-nama di atas, Konohagakure juga merupakan rumah bagi dua karakter paling kuat di seluruh planet bumi yaitu Uchiha Sasuke dan Uzumaki Naruto. Meskipun Naruto kini harus kehilangan Kurama, dan Sasuke harus kehilangan Rinnegan, keduanya masih menjadi shinobi terkuat. Dan saat ini, generasi baru Konoha seperti Sarada dan Boruto siap mengambil alih kejayaan tersebut.