Kekkei Genkai, atau yang biasa juga disebut sebagai Bloodline Limits (kekuatan berdasarkan garis keturunan) merupakan sebuah kemampuan yang sangat dahsyat dalam cerita di seri Naruto. Kemampuan dahsyat ini tentunya tidak bisa diakses oleh sembarangan orang. Hanya beberapa orang/klan tertentu yang bisa menggunakan Kekkei Genkai.
Oleh karena itulah, Kekkei Genkai menjadi salah satu sumber kekuatan paling dahsyat. Ada banyak sekali Kekkei Genkai yang diperlihatkan dalam cerita Naruto, dan berikut adalah beberapa yang paling kuat dalam seriesnya.
Mangekyou Sharingan
Mangekyou Sharingan adalah peningkatan dari doujutsu Sharingan. Ketika seseorang menggunakan atau mengaktifkan Mangekyou Sharingan, tampilan bola matanya akan berubah dan berbeda dari Sharingan biasa. Selain berubahnya tampilan, pengguna dari Mangekyou Sharingan juga akan memiliki sebuah kekuatan yang sangat dahsyat.
Tenseigan
Tenseigan merupakan kekkei Genkai yang dimiliki oleh klan Otsutsuki dan hanya beberapa orang saja dari klan tersebut yang diketahui memiliki kemampuan ini. Tenseigan bisa diaktifkan bila seseorang memiliki kemampuan Byakugan dan dipadukan dengan darah milik klan Otsutsuki. Sejauh ini, baru Hamura Otsutsuki dan Toneri Otsutsuki yang diketahui memiliki kemampuan Tenseigan.
Elemen Kayu
Salah satu karakter terkuat dari seluruh series Naruto, Hashirama Senju adalah Hokage pertama dari desa Konoha. Meskipun Hashirama diberkahi oleh kekuatan fisik yang kuat, kemampuan terbesarnya ada pada teknik Kekkei Genkai, atau teknik untuk elemen kayu. Bahkan, pada saat itu tidak ada shinobi lain yang memiliki teknik serupa selain Hashirama.
Jougan
Rinnegan
Rinnegan merupakan salah satu dari tiga Doujutsu legendaris, selain Sharingan dan Byakugan serta menjadi Kekkei Genkai paling kuat di seriesnya. Berbeda dengan Byakugan dan Sharingan, Rinnegan merupakan sebuah Doujutsu yang sangat langka. Rinnegan hanya bisa didapatkan oleh seseorang yang pernah mendapatkan chakra dari klan Otsutsuki dan keturunannya atau menggabungkan Sharingan dengan sel Hahsirama.