Dunia shinobi dalam cerita Naruto dipenuhi oleh berbagai pertarungan jutsu, dan juga klan. Banyak dari klan ninja terkenal akan membagikan berbagai teknik rahasia mereka untuk diturunkan kepada generasi berikutnya dari anggota klan. Klan lainnya juga memiliki Kekkei Genkai yang sangat langka, seperti teknik mata yang unik, yang hanya bisa diturunkan melalui hubungan darah atau DNA.
Karena adanya perbedaan dari segi kualitas dan adanya saling bersaing antar klan, ninja dengan nama keluarga tertentu berusaha untuk menjabat beberapa posisi yang strategis yang sesuai dengan kemampuan mereka. Dengan banyaknya klan ninja di cerita Naruto, berikut adalah beberapa daftar klan ninja terkuat.
Hyuga
Klan Hyuga terkenal karena penampilan mereka dan juga kemampuan Byakugan mereka. Byakugan bukan hanya sebuah Kekkei Genkai atau jutsu yang diturunkan melalui garis keluarga, tapi juga merupakan salah satu jutsu mata terkuat bersama Rinnegan dan Sharingan. Karena kemampuan Byakugan mereka dan juga hubungan dengan klan Otsutsuki, klan Hyuga merupakan salah satu klan yang paling dihormati di Konoha.
Uzumaki
Klan Uzumaki terpaksa harus dibubarkan akibat desa mereka, Uzushiogakure, hancur. Klan Uzumaki merupakan klan yang paling ditakuti di desa tersebut karena kemampuan dan kekuatan chakra mereka yang luar biasa. Karena dibubarkan, para anggota klan Uzumaki pun menyebar ke seluruh desa-desa yang ada, dan mereka yang selamat harus merasakan tumbuh di lingkungan yang berbeda dan situasi yang berbeda.
Uchiha
Tentunya kita semua sudah mengenal dan mengetahui tentang klan Uchiha. Klan mereka selalu jauh dari kegiatan politik Konoha, dan hanya terlibat dalam beberapa peristiwa penting saja. Klan Uchiha terkenal akan mata merah mereka yang menyala, akibat Sharingan dan Mengekyou Sharingan. Sharingan sendiri akan meningkatan kemampuan visual dari penggunanya, yang membuat mereka bisa melihat dan menirukan sebuah jutsu.
Senju
Klan Senju mirip dengan klan Uchiha, dan klan ini merupakan salah satu pendiri desa Konohagakure. Pemimpin klan mereka, Hashirama, kemudian menjadi Hokage pertama dan adiknya menjadi Hokage kedua. Bertahun-tahun kemudian, cucu dari Hashirama yaitu Tsunade melanjutkan tradisi dengan menjadi Hokage kelima.
Otsutsuki
Klan Otsutsuki tidak diragukan lagi menjadi klan yang paling kuat dalam cerita Naruto. Semua hal yang berhubungan dengan chakra dan ninjutsu berawal dari klan ini. Kaguya Otsutsuki datang ke bumi dengan tujuan untuk “menanam” chakra. Meskipun dia sendirian, dia berhasil menghentiknan peperangan dan membuat seluruh penduduk bumi terjebak dalam Infinite Tsukuyomi berkat Rinne Sharingan miliknya.