Iwagakure
Iwagakure merupakan salah satu desa ninja terkuat saat ini, yang sempat dipimpin oleh Onoki sang Tsuchikage ketiga. Setelah perang besar ninja keempat, gelar Tsuchikage pun diambil alih oleh Kurotsuchi. Tidak banyak perubahan berarti dari desa ini setelah Kurotsuchi menjadi Tsuchikage keempat. Desa Iwa dianggap sebagai desa yang cukup kuat, karena mampu menandingi kekuatan desa Konoha dalam perang besar ninja ketiga. Dan sampai saat ini, Iwagakure masih menjadi salah satu desa terkuat.
Sunagakure
Sunagakure alias desa Suna merupakan salah satu desa ninja yang cukup populer selain Konohagakure. Desa Suna merupakan rumah bagi Gaara, sang Kazekage kelima. Dia menggantikan sang ayah, Rasa, yang merupakan Kazekage keempat. Di bawah kepemimpinan Gaara, desa Suna berubah menjadi sebuah desa ninja yang kuat.
Gaara pun menjadi sosok yang tangguh dan berjiwa pemimpin tinggi. Terbukti dalam perang besar ninja keempat, dia berhasil memimpin para shinobi dari desanya. Selain Gaara, desa Suna juga menjadi rumah bagi para shinobi hebat lainnya seperti Kankuro, Shinki, dan bahkan Temari.
Kumogakure
Kumogakure merupakan sebuah desa ninja yang sangat kuat dan hal tersebut masih bertahan sampai saat ini. Selain Konohagakure, Kumogakure adalah desa ninja yang memiliki monster berekor dan Jinchuriki. Desa ini dipimpin oleh Darui, sang Raikage kelima. Tetapi, para tetua desa, seperti halnya Ay, selalu muncul untuk memberikan bantuan.
Killer B, yang merupakan Jinchuriki dari Gyuki, berasal dari desa ini. Selain itu, Kumogakure juga memiliki sosok Omoi dan Cee. Kumogakure sangat maju dalam hal ilmu pengetahuan. Salah satu buktinya adalah dalam film The Last: Naruto the Movie diperlihatkan bahwa desa ini memiliki pertahanan berupa meriam chakra yang mampu menghancurkan bulan.
Konohagakure
Tidak diragukan lagi merupakan desa ninja terkuat dalam franchise Naruto adalah Konohagakure alias desa Konoha. Selama bertahun-tahun, semenjak Madara dan Hashirama mendirikan desa ini, sudah lahir banyak sekali shinobi-shinobi hebat yang memberikan pengaruh besar dalam dunia shinobi. Contohnya adalah Hiruzen Sarutobi, Minato Namikaze, dan tiga Sannin legendaris.
Selain nama-nama di atas, Konohagakure juga merupakan rumah bagi dua karakter paling kuat di seluruh planet bumi yaitu Uchiha Sasuke dan Uzumaki Naruto. Meskipun Naruto kini harus kehilangan Kurama, dan Sasuke harus kehilangan Rinnegan, keduanya masih menjadi shinobi terkuat. Dan saat ini, generasi baru Konoha seperti Sarada dan Boruto siap mengambil alih kejayaan tersebut.
