Dr. Vegapunk merupakan ilmuwan yang berjasa bagi Pemerintahan Dunia dan Angkatan Laut. Dia telah melakukan banyak penelitian untuk memajukan teknologi Pemerintah Dunia. Hingga sekarang, masih belum diketahui seperti apa bentuk fisik Dr. Vegapunk, dan seperti apa latar belakangnya. Yang menjadi pertanyaan terbesar adalah apakah Vegapunk adalah sosok jahat dan tega melakukan apapun demi sebuah penelitian, atau sebenarnya dia tidak jahat?
Beberapa orang di dunia One Piece menganggap Dr. Vegapunk tidak jahat. Hal tersebut terbukti karena para penduduk Karakuri sangat menginginkan Dr. Vegapunk kembali ke desanya. Bagi penduduk Karakuri, Dr. Vegapunk adalah sosok yang sangat bisa diandalkan. Selama dia hidup di pulau tersebut, Dr. Vegapunk terkenal sebagai ilmuwan yang membantu banyak orang dengan penemuan-penemuannya yang menakjubkan.
Selain itu, Dr. Vegapunk juga enggan menggunakan sebuah racun yang telah dia rancang sebelumnya bersama ilmuwan yang lain. Menurut Dr. Vegapunk jika racun H25 itu dilepaskan, maka berpotensi membunuh banyak nyawa yang tidak bersalah dan tentunya itu sangat merugikan banyak pihak. Dr. Vegapunk juga enggan melakukan eksperimen kepada anak-anak, sebab menurut Dr. Vegapunk hal itu sangat beresiko dan bisa jadi membahayakan keselamatan anak-anak tersebut.
Beberapa bukti diatas telah membuktikan bahwa Dr. Vegapunk sebenarnya memiliki sifat yang baik, namun dia juga memiliki rasa penasaran yang tinggi sebagai seorang ilmuwan. Itulah yang dimanfaatkan oleh Pemerintah Dunia dengan selalu membuat Dr. Vegapunk penasaran dan membuat penelitian baru yang menurut mereka berguna. Beruntungnya Dr. Vegapunk sesekali bisa menolak perintah dengan alasan yang cukup logis, dan karena pihak Pemerintah Dunia sangat membutuhkan orang seperti Dr. Vegapunk maka mereka akhirnya menurutinya.
Beberapa penelitian yang cukup menguntungkan bagi pihak Pemerintah Dunia adalah Kuma dan buah iblis buatan. Karena kedua hal itu, pihak Pemerintah Dunia memiliki pasukan yang cukup kuat dan bisa digunakan untuk melawan bajak laut. Jadi Dr. Vegapunk hanyalah ilmuwan yang dimanfaatkan rasa ingin tahunya demi kepentingan pemerintahan.
Lantas kenapa Dr. Vegapunk tidak keluar saja dari kubu Pemerintah Dunia? Nampaknya Dr. Vegapunk menunggu momen yang pas, sebab selama ini semua fasilitas yang dimiliki oleh Dr. Vegapunk tentu berasal dari Pemerintah Dunia, sehingga dia pasti merasa berhutang budi dan merasa harus bertanggung jawab. Setiap eksperimen, penelitian dan semua kegiatan keilmuan yang dilakukan Dr. Vegapunk tentu memerlukan biaya dan peralatan yang tidak sedikit, dan pihak Pemerintah Dunia pasti telah mengeluarkan banyak biaya untuk hal itu. Oleh sebab itulah Dr. Vegapunk masih belum bisa kabur dari cengkraman Pemerintah Dunia.
Tapi bisa jadi pihak Pemerintah Dunia menutupi beberapa dampak negatif dari hasil penelitian Dr Vegapunk di dunia luar. Sehingga Vegapunk hanya percaya bahwa hasil penelitiannya digunakan oleh pihak pemerintahan untuk membantu orang lain dan memiliki manfaat yang besar. Padahal sebenarnya ada beberapa penelitian yang malah merugikan banyak orang karena digunakan dengan cara yang salah oleh Pemerintah Dunia beserta semua organisasi di dalamnya. Apakah Dr. Vegapunk suatu saat akan berada di kubu bajak laut untuk membawa perubahan di masa depan? Jika Dr. Vegapunk tetap memiliki sikap baik, dan memiliki rasa penasaran yang tinggi maka bisa jadi dia akan menjadi salah satu ilmuwan yang ingin melihat perubahan tersebut.
