Cerita akhir dari seri Godzilla: Singular Point menjadi penutup pertempuran untuk menghentikan the Catastrophe, sambil juga menjadi dasar cerita untuk musim keduanya dengan hadirnya post-credit scene. Di sepanjang serinya, para karakter utama berusaha dengan keras untuk bisa membongkar misteri dari sebuah lagu yang misterius dan bagaimana lagu tersebut bisa terkoneksi dengan insiden kaiju.
Dalam serinya, lagu misterius tersebut adalah lagu yang bisa mengundang kemunculan dari Rodan dan bahkan seluruh kaiju lainnya. Mei, Yun, Haberu, BB, dan Shunya Sato berusaha untuk mencari tahu apa yang terjadi. Kemudian mereka pun memahami bahwa para monster seperti Rodan, Anguirus, Manda, dan Godzilla adalah “Singular Points,” yang mana artinya “tempat-tempat dimana logika yang ada menghilang.” Singular point ini bisa muncul dimana pun dan menciptakan Red Dust, yang bisa berbahaya bagi bumi.
Dengan bantuan dari Otaki Factory, yang menciptakan Jet Jaguar, umat manusia pun mampu menghadapi para monster itu. Dengan seekor kaiju bisa menghadirkan ancaman Red Dust lebih besar dari yang lain, Godzilla terbukti menjadi yang paling berbahaya. Mereka pun berusaha mencari Orthogonal Diagonalizer, sesuatu yang mampu menghancurkan Red Dust dan juga menyelamatkan dunia dari amukan Godzilla.
Bagaimana Jet Jaguar Mengalahkan Godzilla
Dalam perjalanannya ke India, para karakter utama kemudian bertemu dengan Shiva, di mana mereka berharap bisa menemukan Orthoginal Diagonalizer yang dikembangan oleh Ashihara puluhan tahun yang lalu. Mereka mengunggap Pelops II ke komputer sehingga komputer bisa membantu mereka mencari solusi. Di akhir serinya, diperlihatkan Pelops II menyelesaikan pencariannya dengan hasil yang nihil.
Ketika lagunya kembali muncul, Mei meminta Pelops II untuk menganalisanya. Pelops II kemudian menemukan sebuah protokol yang didesain oleh Yun untuk “membuat Jet Jaguar menjadi tidak terkalahkan.” Jet Jaguar pun kemudian tumbuh dengan ukuran yang luar basa besar, yang membuatnya menjadi lawan seimbang bagi Godzilla untuk pertama kalinya di seri ini.
Pertarungan tersebut menjadi tandingan dari pertarungan klasik antara Godzilla melawan Gigan dan Megalon. Seperti yang Mei katakan, ternyata selama ini jawabannya ada di dekat mereka dan lagu itu adalah kuncinya. Kode yang selama ini mereka cari ternyata ada di robot Jaguar PP, robot yang disiapkan oleh Yun. Jet Jaguar PP kemudian berpisah dengan Yun sebelum meledakan dirinya.
Ternyata, mode penghancuran yang dimiliki oleh Jet Jaguar PP adalah Orthological Diagonalizer yang dikirim kembali ke masa lalu untuk mengalahkan Godzilla dan menghentikan Catasthrope. Energi yang ditimbulkan dari ledakan mampi menghentikan pertarungannya.
Penjelasan Nasib Godzilla, Jet Jaguar, dan Salunga
Tiga kaiju utama yang muncul di pertarungan akhir serinya diperlihatkan menghilang. Dalam sebuah adegan singkat di akhirnya dikonfirmasi bahwa Salunga terbunuh oleh Orthoginal Diagonalizer. Tubuhnya tertusuk banyak sekali kristal biru. Meskipun di episode sebelumnya Salunga berhasil selamat setelah ditusuk oleh kristal merah, kali ini kematiannya sudah final.
Jet Jaguar juga menghulang, namun karena Jet Jaguar memiliki pewarisnya di masa depan, ada kemungkinan bahwa Otaki Factory kemudian membangunnya kembali. Namun, belum diketahui apakah ukurannya akan sama seperti semula. Sementara tubuh Godzilla sendiri tidak diperlihatkan, jadi masih belum diketahui pasti apa yang terjadi kepadanya.
Pengorbanan yang dilakukan oleh Jet Jaguar memang terbukti menghentikan the Catasthrope seperti yang diramalkan, namun tidak ada bukti pasti bahwa Godzilla sudah tewas. Orthoginal Diagonilizer mungkin tidak membunuhnya, namun mengirimnya kembali ke masanya. Artinya bisa jadi dia masih hidup di universenya. Jika memang begitu, Godzilla memiliki kesempatan untuk kembali di musim kedua.
Mechagodzilla di Musim Kedua
Dalam momen post-credit scene kita diperlihatkan apa yang akan disuguhkan di musim kedua nanti. Dalam adegannya terlihat sebuah gudang besar di mana di sana sedang dibangun Mechagodzilla. cetak biru tulang Godzilla yang muncul di layar komputer memberikan petunjuk bahwa kaiju robot ini memang dibangun dari tengkorak Godzilla asli, yang diperlihatkan juga di awal serinya.
Michael dan seorang jurnalis misterius bernama Takehiro diketahui terlibat atau memiliki peran dalam terciptanya Mechagodzilla. keduanya diperlihatkan sedang mengawasi proses pengerjaan Mechagodzilla. Satu sosok kejutan juga muncul, yang tidak lain adalah Ashihara, ilmuwan yang diduga sebelumnya sudah tewas. Meskipun banyak yang menganggapnya pahlawan, sepertinya Ashihara memiliki niat jahat dengan membuat Mechagodzilla.
