Black Kryptonite adalah salah satu meteor unik yang menjadi kelemahan bagi Superman. Benda tersebut muncul pertama kali di Smallville season 4, dan ditampilkan dalam beberapa episode. Black Kryptonite memainkan peran kunci dalam rencana Clark untuk menangani Doomsday di Smallville season ke-8.

Di awal seri, Clark Kent alias Superman menyadari bahwa bebatuan meteor hijau membuatnya sakit, dan mampu membunuhnya. Smallville season 2 mengungkapkan bahwa meteor tersebut bukanlah satu-satunya bentuk Kryptonite yang eksis. Setelah membeli “class ring”, Clark mengalami perubahan kepribadian yang sangat berbeda dalam dirinya. Rupanya, cincin yang ia kenakan itu terbuat dari batuan meteor Kryptonite berwarna merah.

Ketika Kryptonite hijau mempengaruhinya dalam membuat tubuhnya sakit, dan terluka secara fisik, Kryptonite merah di sisi lain mengubah dirinya secara emosional. Sejak saat itu, Clark dan teman-temannya, Pete Ross, dan Chloe telah menemukan berbagai warna Kryptonite, dengan masing-masing memiliki efek berbeda pada ras Kryptonian.

Sementara itu, dalam pemutaran perdana Smallville musim ke-4, serial ini memperkenalkan Kryptonite hitam, yang merupakan hal baru bagi dunia Superman. Benda itu di bawa ke dalam serial oleh Dr. Bridgette Crosby, yang mengunjungi Martha Kent saat kepribadiannya Clark telah diambil alih oleh sisi Krypton sehingga memunculkan Kal-El.

Dipersenjatai dengan sepotong meteor Kryptonite hitam, Martha lalu “membagi” anaknya itu menjadi dua rupa atau sisi, dan membiarkan bagian manusianya untuk bertarung dengan sisi Krypton. Clark harus menggunakan kekuatan Kryptonite hitam agar bisa membebaskan dirinya dari Kal-El untuk selamanya.

Di musim yang sama, diketahui juga bahwa Kryptonite hitam dapat mengubah manusia (tidak hanya ras Kryptonian). Eksperimen dengan meteor tersebut kemudian menyebabkan sisi gelap Lex Luthor muncul sebagai entitas terpisah. Akibatnya, Lex yang asli hidup tanpa sifat negatif apa pun, dan Lex yang lainnya tercipta dalam versi yang jahat. Clark lalu menggunakan meteor Kryptonite hitam untuk menggabungkan dua jiwa Lex yang terpisah.

Setelah mengingat apa yang dilakukan terhadap dirinya dan Lex, Clark menggunakan lagi Kryptonite hitam di season 8 untuk memisahkan Doomsday dari persona manusianya, Davis Bloome. Meskipun Kryptonite hitam Smallville secara teknis masih baru, tampaknya itu sebenarnya didasarkan pada versi film Superman III yang pernah tayang di tahun 1983.

Dalam film tersebut, Kryptonite sintetis tercipta dan digunakan untuk membuat Superman versi jahat dari tubuh Clark Kent. Kryptonite hitam dari Smallville tidak sintetis, tetapi dapat dibuat oleh manusia. Di season 4, Lex merekayasa sepotong Kryptonite hitam dengan menghantam batuan meteor hijau menggunaan panas yang tinggi. Setelah diperkenalkan di Smallville, Kryptonite hitam ditambahkan ke cerita resmi (Kanon) DC Comics dengan kemampuan yang sama.

Benda itu juga dimasukkan ke dalam semesta Arrowverse melalui episode Supergirl, di mana Kara bertemu dengan batu tersebut. Black Kryptonite dalam serial Smallville pada akhirnya mampu memperluas cerita Superman menjadi lebih menarik lagi di dunia DC Universe.