Dalam cerita crossover Empyre, yang sedang berjalan saat ini, seluruh universe Marvel sedang dalam keadaan siaga akibat serangan dari ras alien berbentuk tumbuhan bernama Cotati. Bertahun-tahun sebelumnya, Cotati merupakan sekutu dari para Avengers, yang mana pemimpin muda mereka, Quoi, kemudian mendekati para Avengers dan meminta bantuan mereka untuk menggabungkan kekuatan.
Quoi beralasan bahwa pasukan Kree/Skrull akan berusaha menghancurkan mereka. Tony Stark menjadi orang pertama yang kemudian setuju untuk membantu Cotati, karena Tony percaya kepada Quoi. Tapi, sayangnya semua yang diucapkan oleh Quoi nyatanya salah. Quoi berbohong mengenai semua yang dia katakan, dan akibat hal ini Tony hampir saja menghancurkan kapal perang Skrull/Kree.
Sekarang para ras Cotati tersebut sedang menyerang bumi, dan para Avengers serta Fantastic Four tersebar ke seluruh dunia dalam upaya untuk menghentikan upaya serangan Cotati ini. Akibat hal tersebut, Tony berada dalam krisis kepercayaan. Dia merasa bahwa dirinya tidak berguna, karena tidak bisa mempercayai instingnya sendiri. Tony juga merasa bahwa dia adalah orang yang bertanggung jawab atas serangan para Cotati ke bumi.
Dalam Empyre #3, diperlihatkan bagaimana Tony akhirnya pergi menyendiri di Avengers Mountain. Reed Richards kemudian berusaha untuk berbicara kepadanya. Pada saat itu, Tony benar-benar depresi, penuh dengan keraguan dan ketidak yakinan akan apa yang harus dia lakukan selanjutnya. Meskipun Reed berusaha untuk membangkitkan kembali semangat Tony, nampaknya itu bukan hal yang mudah.
Dalam Empyre #4, Tony diperlihatkan masih memiliki determinasi tinggi untuk menghancurkan Cotati. Bersama dengan Reed Richards, mereka berusaha untuk mencari cara bagaimana mengalahkan serangan Cotati. Situasinya sendiri saat ini sangat tidak menguntungkan, dimana Cotati berada di wilayah Wakanda menguasai sebagian besar wilayah tambang vibranium, yang mana akan memberikan mereka kendali atas kehidupan tumbuhan di seluruh bumi dan galaksi dan juga membuat mereka bisa membangun senjata terkuat.
Di sisi lain, pasukan Kree/Skrull memiliki opsi untuk menghancurkan matahari agar mereka kehilangan sumber tenaga dan kekuatannya. Meskipun Tony masih tidak percaya dengan pengkhianatan yang dilakukan oleh Quoi, dia kemudian bergegas untuk mulai membuat armor Iron Man terbaru. Yang unik adalah warna dari armor baru Iron Man ini dan terdapat logo “4” serta unsur warna biru. Tony sepertinya siap untuk menjadi “anggota baru” Fantastic Four.
Tapi, armor ini masih belum selesai dan sempurna. Meskipun begitu, Tony diperlihatkan masih tetap berusaha membangun armor ini dengan waktu yang secepat mungkin. Dengan karakter lainnya juga yang mendapatkan kostum Fantastic Four – seperti Spider-Man dan Wolverine – banyak fans yang kemudian menganggap bahwa event Empyre ini sebenarnya adalah event Avengers/Fantastic Four. Mungkin pada akhirnya kita akan melihat bagaimana kedua tim ini akan menjadi satu keluarga besar.
