Sama seperti banyak aspek lainnya dalam franchise Naruto, sistem chakra dalam cerita Naruto merupakan sebuah adaptasi yang unik dari bagaimana manusia bisa mengendalikan dan mempergunakan energi spiritual, fisikal, dan alami. Jaringan dari jalur chakra merupakan dasar dari para shinobi ketika menggunakan berbagai Jutsu mereka, dan hal ini juga membedakan Naruto dengan franchise lainnya yang juga memperkenalkan konsep chakra.

Energi spiritual dan fisikal dihasilkan di dalam “chakra coils” yang mengelilinginya dan terhubung dengan organ-organ yang bisa menghasilkan chakra. Energi ini tersimpan dan terus tumbuh disana dan disirkulasikan ke seluruh tubuh sama dengan sistem kardiovaskular atau sistem kerja jantung yang memompa darah untuk dialirkan ke seluruh tubuh.

Seseorang bisa mengendalikan energi ini dengan mengontrol chakra di dalam dirinya sendiri. Sama seperti jaringan darah, jaringan chakra yang ada di dalam tubuh manusia juga terhubung dengan titik tekan (pressure point) dan organ-organ vital. Titik-titik tersebut disebut sebagai Tenketsu, dan total ada 361 titik chakra yang ada di dalam tubuh manusia.

Tenketsu mengendalikan aliran chakra sama seperti sebuah sekering listrik, mengirimkan chakra dari pusat tubuh ke berbagai titik-titik yang ada di tubuh melalui sistem chakra. Dalam tenketsu tersebut juga terdapat delapan gerbang yang mengendalikan fungsi tubuh dan hal lainya. Gerbang tersebut merupakan batas seberapa chakra yang bisa dialirkan melalui jaringan chakra dalam satu waktu.

Normalnya, tubuh manusia hanya bisa menggunakan sekitar 20% dari kemampuan keseluruhan chakra dalam sekali pakai, demi melindungi penggunanya dari penggunaan berlebih. Sama seperti Guy dan Rock Lee, seseorang bisa belajar untuk membuka gerbang-gerbang tersebut dan menggunakan tubuh mereka dengan potensi penuh. Tapi, teknik ini seperti pedang bermata dua, dimana selain bisa menghasilkan kekuatan yang dahsyat jika hal itu dilakukan maka resiko cedera parah akan sangat tinggi. Bahkan, bisa menyebabkan kematian.

Ada banyak cara untuk menggunakan dan memanfaatkan tenketsu secara maksimal dan juga efektif, seperti yang dilakukan oleh klan Hyuga dengan Gentle Fist-nya. Dengan kemampuan untuk mengarahkan pukulan tepat ke titik chakra lawan, klan Hyuga menggunakan doujutsu Byakugan untuk bisa mengidentifikasi lokasi musuh dan titik lemah dari musuh mereka.

Teknik tersebut juga mampu menghentikan aliran chakra atau mengirimkannya ke arah yang berbeda, menghancurkan bagian dalam lawan, dan juga merusak organ dalam. Kemampuan untuk melihat jaringan chakra dalam diri seseorang merupakan hal yang membedakan klan Hyuga, Byakugan, dari doujutu lainnya. Berbeda dengan Sharingan, yang bisa melihat aliran chakra di tubuh musuh, Byakugan bisa melihat keseluruan jaringan dari chakra lawan sampai ke jalur sirkulasi tubuhnya.

Intinya, Byakugan memiliki keunggulan dalam sisi ketepatan penglihatan yang bahkan bisa melihat objek sekecil mungkin dari jarak yang jauh. Serangan lainnya yang juga menyerang bagian jaringan chakra musuh adalah Rasenshuriken, dimana jutsu yang dikembangkan oleh Naruto ini bisa memotong aliran chakra musuh.

Sebelum menguasainya di Sage Mode, Naruto sempat merasakan efek samping dari penggunaan jutsu tersebut di bagian lengannya. Berbicara mengenai chakra, di manga Boruto kita akhirnya tahu dari mana asal usul chakra. Yaitu dari buah chakra yang ditanam oleh Kaguya Otsutsuki jutaan tahun yang lalu. Hagoromo dan Hamura bisa dibilang merupakan orang yang kemudian mewariskan chakra kepada para shinobi untuk kemudian disebarkan. Hal inilah yang tidak disukai oleh Kaguya, dan anak dan ibu tersebut sempat saling bertarung untuk membela keyakinan mereka. Intinya, chakra merupakan sumber kekuatan dari setiap shinobi. Jika mampu menguasainya, maka kita akan menjadi sosok yang hebat.