Kakuzu
Kakuzu bergabung dengan Akatsuki demi peruntungan yang lebih baik. Dia dikenal sebagai sosok yang serakah di dunia Shinobi. Diketahui Kakuzu sudah menghabisi berbagai Jinchuriki, termasuk Fuu dan Yugito, serta menghabisi seluruh desa sendirian tanpa adanya bantuan dari Hidan. Kakuzu berhasil membuat dirinya abadi setelah membuat kesepakatan dengan iblis dengan membiarkan mereka masuk ke dalam tubuh mereka dan memasangkan lima buah jantung. Kakuzu sangat kuat bahkan Kakashi dan Matatabi tidak bisa melukainya dalam pertarungan biasa.
Kisame
Kisame merupakan salah satu dari tujuh Deadly Swordsman yang berasal dari desa kabut, dan mantan pemilik dari Samehada. Setelah pemilik sebelumnya memutuskan untuk bunuh diri, Kisame kemudian mengambil alih pedang tersebut. Dia berhasil menjinakan pedang tersebut dan belajar untuk menyatu dengan senjata itu, dan akhirnya bisa mengendalikan sepenuhnya.
Kisame dikenal sebagai “Tailless Tailed Beast”, dimana dia memiliki dua kemampuan chakra dan kekuatan dari seekor monster bijuu. Dia bertarung dengan menyerap chakra milik musuhnya secara terus menerus selama pertarungan berlangsung. Dia pernah bertarung melawan Asuma dan Kurena, juga dia pernah bertarung melawan Kakashi dan Killer B.
Zetsu
Zetsu merupakan salah satu karakter tercerdas yang ada dalam cerita Naruto. Menjadi salah satu “anak” dari Kaguya, dia sudah merencanakan untuk menghidupkan kembali sosok tersebut selama ribuan tahun. Dia sebenarnya menulis ramalan tersebut di Uchiha Stone, untuk membuat Madara melanjutkan rencana ini dan kemudian dilanjutkan kepada Nagato sehingga dia bisa membangun kembali generasi kedua Akatsuki.
Zetsu memiliki banyak sekali kloning, tapi kekuatannya tidak lebih kuat dari Zetsu yang asli. Black Zetsu memiliki kemampuan unik, di mana ia bisa menyatu kepada orang lain yang lebih kuat, dan Madara adalah salah satu contohnya. Zetsu menyatu ke dalam diri Madara dan kemudian membunuhnya.
Orochimaru
Orochimaru sudah melanglang buana di dunia shinobi. Dia mungkin menjadi ninja yang paling banyak mengetahui berbagai jutsu, setelah Hagoromo Otsutsuki. Tujuannya bergabung ke Akatsuki adalah untuk mempelajari berbagai jutsu yang mereka gunakan, dan tujuan utamanya adalah menguasai setiap jutsu tersebut dan menjadi sosok yang abadi.
Satu hal yang luar biasa bagi Orochimaru adalah sangat sulit untuk mengalahkannya atau bahkan membunuhnya. Berbagai pengguna teknik Genjutsu pernah berhasil membuat Orochimari terjebak di dalamnya, tapi dia selalu berhasil kembali. Orochimaru pernah disegel oleh Itachi, tapi dia berhasil kembali. Orochimaru juga bisa menggunakan teknik Edo Tensei untuk membangkitkan Hashirama dan Tobirama juga Minato untuk bertarung demi dirinya. Dia juga memiliki sebuah universe sendiri yang ada di kepalanya yang digunakan untuk mengambil tubuh orang lain.
Obito Uchiha
Obito merupakan pendiri dari generasi ketiga akatsuki dan merupakan mantan murid dari Minato sang Hokage ketiga. Saat dia diperkirakan sudah mati ketika masih keciil, secara diam-diam dia memperhatikan Kakashi saat sedang melakukan sebuah misi dan membantunya beberapa kali tanpa diketahui oleh Kakashi. Dialah sebenarnya yang menjadi penyebab dari kematian Minato.
Obito memiliki genjutsu yang lebih hebat dari Kotoamatsukami, mampu mengendalikan Yagura sesuai keinginannya untuk jangka waktu yang lama tanpa diketahui oleh Ao. Obito kemudian mewarisi kemampuan Rinnegan yang digunakan oleh Nagato, dan kemudian menguasainya.
Madara Uchiha
Madara merupakan orang pertama yang diinginkan oleh Zetsu untuk terlibat dalam rencananya membangkitkan Kaguya, dan dia selalu bersama dengan Zetsu selama itu. Madara juga mampu menggunakan Tsukuyomi, Izanagi, dan Izanami, juga Rinnegan dan berbagai kemampuan yang dimiliki oleh Obito dan Nagato. Dia juga bisa menggunakan Limbo, yang membuatnya bisa bertarung di universe lain.
Madara sudah mengembangkan teknik Susano’o lebih jauh lagi, dan menyempurnakannya sebelum kemudian menjadi mesin penghancur dengan kekuatan yang bisa menghancurkan semua yang ada di dunia ini. Dia berhasil mengalahkan kelima Kage saat perang besar ninja keempat, bahkan dia tidak menggunakan seluruh kemampuannya. Madara kemudian menjadi Jinchuriki bagi bijuu ekor 10, mengalami peningkatan kekuatan yang disebut-sebut mendekati kekuatan Hagoromo.
Shin Uchiha
Shin Uchiha merupakan sebuah percobaan yang diciptakan oleh Orochimaru dalam cerita manga Boruto. Untuk membuat manusia buatan ini, Orochimaru terinspirasi dari sosok Danzo. Dengan sebuah nyawa atau kehidupan buatan yang dimasukan ke dalam tubuhnya, dan ditambahkan dengan sebanyak mungkin Sharingan yang bisa dia dapatkan akhirnya Shin Uchiha pun jadi.
Shin Uchiha pada akhirnya berhasil membangkitkan Sharingan miliknya, dan kemudian membuat kloningnya sendiri sampai kemudian terciptakan klan Uchiha yang baru. Dia merupakan ancaman besar bagi Naruto dan Sasuke. Dengan kemampuannya yang di atas rata-rata para anggota Akatsuki lainnya, wajar jika kemudian Shin Uchiha menjadi ancaman bagi seluruh dunia Shinobi termasuk Konoha.
