Menanamkan Virus Di Tubuhnya
Meskipun Iron Man merupakan seorang pahlawan hebat pada dasarnya di bawah armor yang kuat tersebut Iron Man hanyalah manusia biasa. Namun, hal itu berubah ketika Tony berhasil mengalahkan seseorang yang sudah diracuni oleh virus bernama Extremis. Tony kemudian menyadari bahwa dia harus melakukan langkah maju.
Setelah melakukan proses penelitian terhadap virus tersebut, Tony kemudian menyuntikan virus Extremis tersebut kepada durunya dan merubah seluruh sistem biologis di dalam tubuhnya. Virus tersebut memberikan kelebihan kepada Tony, dimana dia mampu mengendalikan armornya dengan menggunakan otaknya, dibandingkan dengan memasang kecerdasan buatan. Dia bahkan mampu memanggil armornya darimana saja. Tony menikmati kekuatan tersebut sampai akhirnya dia kemudian berusaha untuk menghancurkan virusnya sendiri.
Menjadi Pemimpin Gerakan Bagi Pemerintah
Sekelompok pahlawan yang sedang bertarung melawan musuhnya justru mengakibatkan bencana bagi manusia. Sebanyak 600 orang tewas di Stamford, Connecticut. Event ini jugalah yang kemudian menjadi awal bagi cerita Civil War, dimana para pahlawan dan manusia super terbagi menjadi dua kubu. Kubu pertama adalah mereka yang setuju bahwa pahlawan super dan manusia super perlu mendaftarkan dirinya ke pemerintah agar semuanya bisa terkendali.
Di sisi lainnya, mereka tidak mau menjadi alat bagi pemerintah dan menolak tindakan tersebut. Stark merupakan orang yang menginisiasi keputusan bagi pahlawan super untuk mendaftarkan dirinya. Dia berharap para pahlawan bisa lebih bijak dan lebih bertanggung jawab ketika sedang menghadapi musuhnya. Ini juga yang kemudian menjadi sumber masalah bagi Tony di kemudian hari.
Menjadi Pemimpin SHIELD
Setelah event Civil War selesai dan menang, Tony Stark bukan hanya menjadi orang yang mendukung penuh Superhuman Registration Act atau gerakan untuk para superhero mendaftarkan diri ke pemerintah. Dia kemudian dihadiahi atas keputusannya tersebut menjadi pemimpin bagi organisasi SHIELD, setelah Nick Fury menghilang.
Ketika dia menjabat, Tony diberikan kewenangan penuh untuk mengendalikan berbagai kegiatan operasi pahlawan super. Juga pemerintah mengizinkan Tony untuk membentuk Mighty Avengers, yaitu Avengers bagi para pahlawan yang melanggar hukum. Namun, karir Tony di SHIELD tidak lebih dari setahun setelah seluruh teknologinya diserang oleh Skrulls. Setelah Norman Osborn membunuh Veranke, ratu para Skrulls di bumi, pemerintah kemudian menyerahkan jabatan tersebut kepadanya.
Tony Stark Diadopsi
Dalam cerita Secret Origin of Tony Stark yang dikerjakan oleh Kieron Gillen, Greg Land, dan Dale Eaglesham, Tony mengetahui jika sebenarnya dia bukanlah anak kandung dari orang tuanya yaitu Howard dan Maria Stark. Tony sendiri kemudian bertemu dengan Arno Stark, anak kandung dari Howard dan Maria. Butuh waktu bertahun-tahun bagi Tony untuk kemudian bertemu dengan ibu kandungnya.
Ibu kandung Tony bernama Amanda Armstrong. Dia merupakan seorang agen rahasia. Amanda terpaksa harus “kehilangan” anak kandungnya, setelah dia mengetahui jika ayah kandungnya ternyata juga seorang agen rahasia. Dia merupakan agen rahasia yang bekerja untuk Hydra.
Harus Kehilangan Ingatan
Bagaimana rasanya jika Geeks harus kehilangan ingatan akibat seluruh memori yang ada di dalam otak kita dipindahkan ke dalam bentuk virtual. Hal inilah yang terjadi kepada Tony Stark. Diantara setelah kejadian Secret Invasion dan Civil War II, Tony Stark harus menyembunyikan identitasnya dari Norman Osborn. Akhirnya dia memutuskan untuk menghapus seluruh data yang ada di otaknya dan memindahkannya dalam bentuk digital.
Akibat pertarungannya dengan Captain Marvel di Civil War II, dia kemudian berada dalam kondisi koma sementara tubuhnya sendiri melakukan restart secara mandiri. Dengan seluruh tubuh dan pikirannya yang benar-benar sudah di-reset dan memulai semuanya dari awal lagi, Tony sendiri sekarang bertanya pada dirinya sendiri apakah dia manusia atau makhluk lainnya.
