Menurut The Hollywood Reporter, Fox pernah mempertimbangkan untuk membuat film perang saudara antara X-Men melawan Fantastic Four. Dalam laporan itu juga mengindikasikan bahwa Johnny Storm atau yang lebih kita kenal sebagai Human Torch, secara tak sengaja membuat masalah di Manhattan saat mencoba menangkap Molecule Man.

Sejak kejadian itu, para superhero harus mendaftarkan diri mereka sama seperti apa yang terjadi di film Captain America: Civil War. Disini, Wolverine dan Mister Fantastic akhirnya harus berseteru dan sepertinya, kedua karakter tersebut ditunjuk untuk mempimpin dua kubu yang berlawanan layaknya Iron Man dan Captain America.

Diakhir film, para superhero akhirnya membuat perdamaian. Tetapi, adegan post-credit scene film tersebut kabarnya menampilkan peristiwa besar adaptasi dari komik, yaitu Secret Invasion. Hal itu diungkapkan oleh Zack Stentz yang pernah ditunjuk untuk menulis skenario film tersebut. Ia juga menyebut bahwa proyek film itu tak pernah berlanjut karena keberhasilan film X-Men: First Class ditahun 2011 lalu.

Karena kini hak atas superhero Marvel yang sebelumnya dipegang oleh Fox telah menjadi milik Disney, itu berarti X-Men dan Fantastic Four telah bebas untuk Disney hadirkan di masa depan. Namun Presiden Marvel Studios, Kevin Feige mengatakan pada para penggemar, bahwa jangan terlalu berharap untuk melihat X-Men di MCU dalam waktu dekat.